贡噶仁钦（1475-1527），直贡替寺第十五任主持人，久阿巴的次子，全称贡噶仁钦贝桑布。他十七岁时受沙弥戒，二十岁受比丘戒，在1494年至1527年里担任主持人。先前，直贡主持人位空悬达十年之久。贡巴一职初由贡噶仁钦的妈妈出任，之后以年老为由，让直贡寺议院的轨范师绛曲仁钦的侄儿贡布坚参出任。贡噶仁钦当政阶段，西藏自治区社会发展进到内忧外患，各地区阵营中间、各教派中间分歧四起。1481年，仁蚌·顿月多吉涉足前藏，1496年仁蚌巴操纵拉萨市。1500年，顿月多吉另外邀约噶玛红帽四世曲扎益希和贡噶仁钦到吉续。此后，直贡派添加到仁蚌政党和噶玛派队伍，协力应对格鲁派和帕珠派。《直贡法嗣》说：“1516年卫藏间产生战争，直贡佛家也遭受危害。贡嘎仁钦阐述直贡寺与帕珠丹萨梯寺中间的友善历史时间，但仅仅有利于中国军队圆满分散化，而沒有获得实际性的经济效益”；“没多久乃东巴（即帕珠政党）举大兵，直追墨竹地域，己方由贡巴贡布坚参快速领兵前往应战。”1518年，帕珠派驱使仁蚌巴阵营撤出拉萨市地域。1519年，贡噶仁钦前去羊八井寺谒见曲扎益希，密商仁蚌巴撤出拉萨市后的防范措施。1521年前后左右直贡派又与沃卡达孜宗产生争战，“己方精兵将沃卡瓦部队人财俱获，因此带去一些主仆为人质事件”。
有关直贡派与格鲁派中间的斗争，在《西藏王臣记》中记述：“原来直贡派与噶丹派（即格鲁派）在政教两层面拥有紧密联系，可是这名主持人（即贡噶仁钦）驱使直贡下属的格鲁派寺庙的佛家弟子更改僧帽（改黄帽为红帽，即改格鲁派为噶举派），并武力威胁别的寺庙。基本上无时不进兵造反，对直贡噶举沒有干什么有利事就坐化了。”东嘎·洛桑赤烈在《论西藏政教合一制度》讲到：“1526年，直贡主持人贡噶仁钦督率工布和雪卡兵士，占领了在直贡和墨竹地域的归属于噶丹寺的生态园，因而，直贡派和格鲁派中间暴发了战事。”又云：“1537年，直贡派斩获了格鲁派在直贡和墨竹一带的十八座尺寸寺院，并更改了这种寺院的佛家弟子遮阳帽色调。”《直贡法嗣》也认可了直贡派与帕珠派和格鲁派中间往往发生争执，以至武士刀相遇，其义务在直贡派，但把这个义务又全推在直贡政务官贡巴贡布坚参的的身上。“之前，山居噶丹派与直贡派中间，在政教层面的关联都很紧密，仅因贡巴贡布坚参把澎域地域交由己方，使克珠门朗白瓦不满意，故有噶丹派僧兵的侵略。并且直贡与帕珠中间也出現了很多互相埋怨之事。我万家府内一些人也数次挑起战争，让格鲁派诸寺改宗……”
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