密教中，表明佛、观音菩萨等诸尊常说真言之梵字。乃真言旅人修字轮观时需解悟者。又作种字、种子字。因此称種子者，乃因其具备‘自一字可生多字，多字复可赅摄于一字’之意。故知‘種子’一词，带有引生、摄持之义。比如合十字为一句，若以第一字为種子，则可依之引生下边九字所具备之观智，另外此九字之实际意义也可以摄取第一字。密教既以其理表明若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字潜心行观，修诸行愿，即能于一切行愿皆得完满。
一般而言，種子具备三义，即：(一)了因义，例如由烟而识火之体性；经过观種子之字门，就可以了知佛智。(二)生因义，例如由谷物等之種子可长出地下茎百果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有义，意谓字门即诸法之根本原因，具足原本之性德，而可做为轨范者。以具足所述三义，故密教诸尊多以之为定性分析。
诸尊之種子，就来源于来讲，有以下多种：(一)较普遍者，多采用真言之第一字，比如胎藏界大日如来之种子字，月天下种子字，水天之种子字。(二)以真言当中字为種子者，如地藏像之种子字。(三)亦有选用真言之终字为種子者，如金钢界大日如来之种子字，释迦之种子字。(四)取梵号认为種子者，如文殊之种子字，医师之种子字。(五)源自与本誓相对之术语，如圣观世音之种子字，系源自
samantamukha（普门）一语。(六)真言与梵号并取者，如阿弥陀佛之种子字。
除一尊个别之種子外，另有相通于该类诸尊之種子，称之为通種子，比如金钢界五部，各因其主尊（大日、阿閦、宝生、弥陀、不空造就）之種子为其各处之通種子。又種子并不限于诸尊常用，一切法决悉得创建種子，如五大都有其種子：地之種子为（阿字门），水为（缚字门），火为（啰字门），风为（诃字门），空为（佉字门）。除此之外，撰写種子之曼荼罗，称之为種子曼荼罗；以種子观行，则称種子观。历年来有将密教经轨中诸尊之種子辑录成诸尊種子真言集、種子集等。
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